根据工作需要，巩义市环境保护局内设二十三个科（室）、站、所

建管科：负责全市新建项目的审批、"三同时"检查，并组织验收工作。

污管科：负责污染排放企业的监督管理以及对限期治理企业的督促落实、并组织验收
　　　　　工作。

监测站：负责对全市环境质量的监测、新建项目和限期治理企业的验收监测、污染纠
　　　　　纷的仲裁监测、以及接受广大企业、个人委托的监测工作。

检察大队：负责对全市污染源、污染防治设施的现场监理和限期治理项目的现场监理
　　　　　　工作。

财务科：负责本局财务帐目的管理、以及环保补助资金的使用和管理工作。

办公室：负责局内部事务、以及对外接待工作。

综合生态科：负责全市环保计划的制订、污染物总量的控制、环境统计和城考工作。

法制科：负责各类环境违法案件的立案、查处工作。

宣教科：负责全市环保法律法规的宣传教育工作。

督查科：负责对违反环保法律法规的行为进行督察。

信访科：负责我市环境信访案件的调查处理工作。

汽尾科：负责对机动车检测和环保标志的发放工作。

危废科：负责辖区内辐射环境监测、监督检查及其污染事故的调查处理。

循环办：引导、宣传、发展我市循环经济。

环境信息技术服务中心：负责全局的环境信息建设、信息发布、治理新技术的开
　　　　　　　　　　　　　　发、引进和推广及ISO14000系列的认证、清洁生产的推
　　　　　　　　　　　　　　广等工作。

污水处理厂筹建办公室：负责巩义市城市污水处理厂的筹建工作。

北山口环境监理所：负责涉村镇、夹津口镇、北山口镇的环境管理工作。

回郭镇环境监理所：负责回郭镇、鲁庄镇的环境管理工作。

芝田环境监理所：负责西村镇、芝田镇的环境管理工作。

米河环境监理所：负责米河镇、新中镇的环境管理工作。

竹林环境监理所：负责小关镇、竹林镇、大峪沟镇的环境管理工作。

孝义环境监理所：负责孝义镇、南河渡镇、康店镇的环境管理工作。

城区环境监理所：负责市区、站街镇、河洛镇的环境管理工作。